Да как-то «две» и не выговаривается… Разве что имея в виду две порции.
Хачапури — это существительное среднего рода, правила можно посмотреть, к примеру, здесь.
Так что ДВА ХАЧАПУРИ заказывайте не сомневаясь.
Есть и универсальное решение для любого региона, работает везде,-
ХАЧАПУРИ ДВА ШТУКА, ПОЖАЛУЙСТА.

(далее…)